太平洋上新建了一座连接全球警视厅监控系统的海洋设施“太平洋浮标”。柯南随少年侦探团参观时，设施被黑衣组织入侵，系统记录显示雪莉（灰原哀）还活着。琴酒亲自带队，驾驶深海潜艇“黑铁号”发起突袭。柯南与赤井秀一、安室透联手对抗组织，而灰原哀为了不连累大家，决定服下解药变回宫野志保，独自面对组织。在深海的生死搏杀中，柯南喊出了那句：“不要逃避自己的命运，灰原！”最终，黑铁鱼影沉入海底，而灰原哀选择了继续以小学生的身份活下去。
剧场版近年最佳。深海潜艇战紧张刺激，柯哀感情线催泪到极点。琴酒的压迫感回归，结尾彩蛋预示最终章即将到来。老粉绝对会哭。
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